研生試劑-抗原性多肽選擇的原則

1. 盡可能是在蛋白表麵
2、保證該段序列不形成α-helix
3、N,C端的肽段比中間的肽段更好
4、避免蛋白內(nei) 部重複或接近重複段的序列
5、避免同源性太強的肽段
6、交聯可以交聯在N、C兩(liang) 端，選擇依據就是交聯在對產(chan) 生抗體(ti) 不太重要的一端
7、序列中不能有太多的Pro,但有一兩(liang) 個(ge) Pro有好處，可以使肽鏈結構相對穩定一些，對產(chan) 生特異性抗體(ti) 有益。

為(wei) 了使抗體(ti) 獲得*效果，仔細地設計抗原多肽是很有必要的，設計應滿足一個(ge) 基本條件：在免疫過程中，該抗原既不會(hui) 產(chan) 生過強的免疫反應，同時又能產(chan) 生出對感興(xing) 趣的蛋白有結合能力的抗體(ti) 。盡管抗原設計是一個(ge) 很複雜的課題，有諸多需要注意的細節，根據我們(men) 所積累的經驗，有幾點關(guan) 鍵的基本設計原則可以提供給大家參考：
1、確定抗體(ti) 的用途
新開展一個(ge) 研究項目，弄清楚所感興(xing) 趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特別是如果知道蛋白的結構會(hui) 對選擇抗體(ti) 易於(yu) 接觸和識別的識別區域有很大的幫助。然而，在沒有這樣的結構信息（多數是這種情況）的情況下，了解研究的用途會(hui) 影響多肽設計的策略。例如：如果研究重點是集中在蛋白的不同區域，如C端或N端，或在一種特定狀態下的蛋白，如磷酸化等，那麽(me) 按照所需序列設計的多肽和產(chan) 生的相應的抗體(ti) 在應用上應該沒有太大的困難，然而，蛋白的構象將影響抗體(ti) 與(yu) 其識別區域之間的相互作用。這種情況下可能存在的問題是如果在折疊的蛋白中，該識別區域被藏在蛋白的內(nei) 部，抗體(ti) 將無法接觸到該區域。（無法產(chan) 生相互作用）。
2、識別區域的選擇原則
一般說來的抗原性識別區域應具備親(qin) 水、位於(yu) 蛋白表麵和結構上易變形性等特點。因為(wei) 在大多數的天然環境中，親(qin) 水區域傾(qing) 向於(yu) 集中在蛋白表麵，而疏水區域常常被包裹在蛋白內(nei) 部，同樣道理，抗體(ti) 隻能與(yu) 在蛋白表麵發現的識別區域相互作用，而當這些識別區域有足夠的結構易變形性而轉移到抗體(ti) 可接觸的位置時，將會(hui) 與(yu) 抗體(ti) 間有很高的親(qin) 和性。
3、連續的與(yu) 不連續的識別區域
連續的區域是指由連續的氨基酸序列構成的識別區域。大多數抗體(ti) 是針對連續識別區域的，抗體(ti) 能與(yu) 這類區域以很高的親(qin) 和力相結合表明這段序列不在蛋白內(nei) 部。不連續的識別區域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是將兩(liang) 段分離開的多肽連在一起的抗體(ti) 的識別區域。在某些情況下，針對這樣不連續識別區域的抗體(ti) 也能產(chan) 生，隻是用來免疫的抗原多肽必須具備與(yu) 該不連續識別區域相似的二級結構，而序列的長度需要符合相關(guan) 的要求。
4、基本建議
為(wei) 了避免識別區域隱藏在蛋白內(nei) 部的風險，我們(men) 通常建議選擇蛋白的N，C兩(liang) 端來產(chan) 生的相應的抗體(ti) 。因為(wei) 在完整的蛋白中，N，C兩(liang) 端通常是暴露在蛋白表麵的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不適合作為(wei) 抗原。
5、序列的長度
通常我們(men) 建議抗原多肽的序列長度在8-20個(ge) 氨基酸殘基之間，如果太短，就有多肽太特殊、所產(chan) 生的抗體(ti) 與(yu) 天然蛋白之間的親(qin) 和力（結合能力）不夠強的風險，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級結構，所產(chan) 生的抗體(ti) 失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產(chan) 品。
6、載體(ti) 蛋白交聯的選擇
基本原則：將載體(ti) 蛋白加在遠離抗體(ti) 識別區域的一端，在序列中沒有Cys的情況下在N或C端加上Cys為(wei) 交聯的方法。
7、常用分析軟件
MacVecfor TM ;DAN star TM;PC-Gene TM