通過改變外源cDNA在質粒中的插入方向或選用不同的RNA聚合酶，可以控製RNA的轉錄方向(即以cDNA的哪條鏈為(wei) 模板轉錄RNA)，從(cong) 而可以得到與(yu) mRNA同序列的同義(yi) RNA探針(senseprobe)或與(yu) mRNA互補的反義(yi) RNA探針(antlsense probe)，後者即互補RNA(cRNA)探針。通常用同義(yi) RNA探針作cRNA探針的陰性對照。
 
    由於(yu) 在體(ti) 外轉錄反應物中可提供有標記物標記的核苷酸為(wei) 原料．因此經過體(ti) 外轉錄就能得到標記的cRNA探針。ceRNA探針是單鏈探針，故以cRNA探針進行雜交反應可避免應用雙鏈cDNA探針作雜交反應時存在的兩(liang) 條鏈之間的複性問題。cRNA和mRNA之間形成的雜交體(ti) 要比cDNA-mRNA雜交體(ti) 穩定．因此雜交反應後可經受高嚴(yan) 格度洗滌。cRNA -mRNA雜交體(ti) 不受RNA酶的影響，故雜交後還可用RNA酶處理，以除去未結合的探針。此外，體(ti) 外轉錄合成的cRNA探針的長度比較一致。

    由於(yu) cRNA探針具有以上優(you) 點，因此在分子雜交中，特別是在原位雜交中的應用較廣泛。但cRNA探針的製備過程較複雜，需要較高的分子生物學實驗條件，cRNA對RNA酶敏感，易被RNA酶破壞，因而在操作過程中需嚴(yan) 格防止RNA酶汙染。