染色質免疫沉澱（ChIP）是研究蛋白質-DNA相互作用的一項強大技術，廣泛用於(yu) 多個(ge) 領域的染色質相關(guan) 蛋白的研究（如組蛋白及其異構體(ti) ，轉錄因子等），特別適用於(yu) 已知啟動子序列或整個(ge) 基因位點的組蛋白修飾分析研究。這項技術采用特定抗體(ti) 來富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA片段，通過多種下遊檢測技術（定量PCR，芯片，測序等）來檢測此富集片段的DNA序列。

ChIP技術自誕生之後，已成功的應用於(yu) 人或動物和組織 [1] 、植物組織 [2] 、酵母 [3] 以及細菌、質粒 [4] 。由於(yu) 在信號轉導和表觀遺傳(chuan) 研究中的突出作用，ChIP在腫瘤 [5-7] 、神經科學 [8-10] 、植物發育[11-13] 等領域中應用非常廣泛，同時有關(guan) 凋亡 [14] 、雌激素信號轉導 [15] 、胰島素抵抗 [16] 、組織發育[1] 的文獻中也用到ChIP。

目前，zui常見的有以下兩(liang) 種ChIP實驗技術：

1.    nChIP：用來研究DNA及高結合力蛋白，采用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease）消化染色質，然後進行片段富集及後續分析，適用於(yu) 組蛋白及其異構體(ti) ，例如 [17-19] ；

2.    xChIP：用來研究DNA及低結合力蛋白，采用甲醛或紫外線進行DNA和蛋白交聯，超聲波片段化染色質，然後進行片段富集及後續分析，適用於(yu) 多數非組蛋白的蛋白，例如 [9, 15, 20] 。

X-ChIP試驗的一般過程

以上兩(liang) 種方法在分離DNA-蛋白質複合物之後，對DNA進行PCR擴增，驗證目標序列的存在。除驗證實驗外，ChIP DNA也可以進行測序分析，這種方法被稱為(wei) ChIP-seq [22] ；也可做芯片分析，這種方法被稱為(wei) ChIP on CHIP或ChIP-CHIP[23] 。這兩(liang) 種方法都可用於(yu) 分析感興(xing) 趣蛋白結合的未知序列，而不需要知道目標序列的詳細信息，因此可以進行探索性的研究。當需要對DNA結合的蛋白複合物（兩(liang) 個(ge) 或兩(liang) 個(ge) 以上蛋白共同結合在DNA上）進行研究時，可以采用reChIP技術對DNA蛋白複合物進行再次富集，從(cong) 而分析兩(liang) 種蛋白同時結合的DNA片段，例如轉錄調控因子及其受體(ti) 複合物 [24]。

相比其他DNA與(yu) 蛋白相互作用的研究工具，ChIP的突出優(you) 勢在於(yu) 通過檢測蛋白(in vivo)與(yu) DNA的物理結合，研究體(ti) 內(nei) 真實情況下的染色質結構，因此得出確鑿的誘導或阻礙轉錄的證據，這對構架信號調控網絡至關(guan) 重要。同時，通過此工具也可以區分轉錄調控的直接作用和非直接作用 [21] ，從(cong) 而使研究者對轉錄調控過程有更而深刻的認識。